El GRUPO DE ECOLOGÍA MICROBIANA DE SUELOS de NEIKER (www.soilmicrobialecology.com) estudia el impacto de diferentes fuentes de estrés ambiental (e.g., prácticas agrarias, contaminación, cambio climático) sobre la salud del suelo. Nuestra investigación se centra en la utilización de las propiedades microbianas del suelo (principalmente, aquellas relacionadas con la biomasa, la actividad y la diversidad estructural y funcional de las comunidades microbianas edáficas) como indicadores biológicos de: (i) el impacto de perturbaciones (e.g., prácticas agrícolas y contaminación) sobre la salud del suelo; y (ii) la eficiencia de los métodos de remediación biológica (i.e., biorremediación y fitorremediación) de suelos contaminados en términos de recuperación de la funcionalidad del suelo. En lo que respecta a las prácticas agrícolas, trabajamos en la utilización de las propiedades microbianas edáficas como herramientas biológicas para la monitorización de la mejora de la salud del suelo derivada de la aplicación de prácticas más sostenibles. Actualmente, una parte muy importante de nuestra investigación se centra en el riesgo de emergencia y diseminación de resistencias a los antibióticos en los suelos y cultivos agrícolas (i.e., en la cadena agroalimentaria). En particular, estamos centrados en el impacto de las enmiendas orgánicas de origen ganadero (estiércol, purín) y urbano (lodos de depuradora urbana) sobre el resistoma y el mobiloma de los suelos y cultivos agrícolas.

En este sentido, de forma rutinaria, medimos una gran variedad de parámetros microbianos en muestras ambientales: (i) BIOMASA MICROBIANA: carbono de la biomasa microbiana, respiración inducida por sustrato, bacterias totales, hongos totales, arqueas totales, abundancia relativa y absoluta de genes por qPCR y/o ddPCR, contenido en ATP, ADN, ergosterol, glomalina, etc.; (ii) ACTIVIDAD MICROBIANA: respiración basal, nitrógeno potencialmente mineralizable, tasa potencial de nitrificación, actividades enzimáticas (e.g., ß-glucosidasa, ß-glucosaminidasa, celulasa, quitinasa, xilosidasa, ureasa, arginina deaminasa, amidasa, proteasa, L-leucina aminopeptidasa, L-alanina aminopeptidasa, arilsulfatasa, fosfatasa ácida y alcalina, deshidrogenasa, FDA-hidrólisis del diacetato de fluoresceína, girasa, etc.; y (iii) DIVERSIDAD MICROBIANA: perfiles genéticos a nivel de comunidad microbiana con las técnicas ARISA y DGGE, perfiles fisiológicos a nivel de comunidad microbiana con placas Biolog™, microarrays funcionales, secuenciación de alto rendimiento (16S rRNA / 18S rRNA / ITS: metabarcoding, metagenómica-shotgun, metatranscriptómica), etc. Asimismo, tenemos amplia experiencia en la cuantificamos de genes funcionales (genes implicados en la biodegradación de contaminantes, en los ciclos de los nutrientes, en la resistencia a los antibióticos, en la transferencia horizontal de genes, etc.) y de atributos (resistencia, resiliencia, supresividad) y servicios ecosistémicos edáficos. Finalmente, aislamos y caracterizamos bacterias promotoras del crecimiento vegetal (actividad ACC deaminasa, producción de sideróforos, solubilización de fósforo, producción de ácido indolacético, formación de biopelículas, etc.) para su empleo en agricultura y fitorremediación, y cuantificamos la ecotoxicidad (Microtox, MARA, LumiMARA, PICT, MIC, etc.) en muestras de suelo.

• Impacto de enmiendas orgánicas sobre el resistoma y el mobiloma de suelos y cultivos agrícolas
• Ecología microbiana de suelos
• Remediación biológica de suelos contaminados
• Impacto de prácticas agrarias sobre la salud del suelo

Investigador Principal: Dr. Carlos Ander Garbisu Crespo